Храм на Якорной площади Кронштадта возведён в 1903—1913 годы по проекту архитектора В. А. Косякова. Это последний и самый крупный из морских соборов Российской империи, главная святыня Российского флота. Высота собора с крестом составляет 70,5 м (самое высокое здание Кронштадта), ширина: 64 м, длина: 83 м. Центральная открытая часть под куполом вмещает 3000 человек. В архитектуре собора ясно читаются элементы византийского стиля, но вместе с тем архитектор привнес много новых приемов в компоновку фасадов и интерьера.
Собор сооружался Морским ведомством по инициативе главных военных чинов Кронштадта: начальника Главного управления кораблестроения и снабжений вице-адмирала В. П. Верховского и главного командира Кронштадтского порта вице-адмирала Н. И. Казнакова.
Комитет под председательством вице-адмирала С. О. Макарова поручил разработку проекта гражданскому инженеру, профессору Василию Антоновичу Косякову. Местом строительства Морского собора была выбрана Якорная площадь, расположенная в центре Кронштадта. В условиях для составления проекта было указано чтобы высота купола позволила собору служить ориентиром с моря.
В 1901 году проект архитектора В. А. Косякова был утверждён Николаем II. В проектировании собора также участвовали гражданский инженер Владимир Шаверновский и гражданский инженер Виксель Александр Иванович.
В сентябре 1902 года началась постройка собора, которую предварил молебен, совершённый протоиереем Иоанном Кронштадтским в присутствии вице-адмирала С. О. Макарова.
Торжественная закладка собора в присутствии императора Николая II и членов императорской семьи состоялась в мае 1903 года.
Как писал в 1910 году сам Косяков: «С 1902 г. в г. Кронштадт производится постройка Морского Собора — памятника чинам флота, погибшим при исполнении служебного долга… Храм сооружается по высочайше одобренному проекту и во все время хода постройки является предметом особого внимания их императорских величеств».
Строительство собора во имя святителя Николая Чудотворца было завершено к лету 1913 года. 23 июля 1913 года храм был освящен в присутствии императора Николая II.
В том же году на Якорной площади перед храмом установили памятник вице-адмиралу С. О. Макарову, выполненный по модели скульптора Л. В. Шервуда.
Морской Никольский собор изначально задумавался как храм-памятник всем когда-либо погибшим морякам. На первом этаже в галереях храма были помещены черные доски с высеченными на них именами погибших со дня основания флота моряков, списки которых были составлены генералом А. С. Кротковым по поручению Морского Министерства (12 тысяч фамилий). Наряду с мемориальными досками в храме предполагалось хранить реликвии, связанные с историей флота.
После Октябрьской революции храм стал приходской церковью, а в 1929 году был закрыт и понес большие утраты. Доски со списками погибших моряков были безвозвратно утрачены. В 1932 году здание собор занял Дом офицеров.
В годы Великой Отечественной войны под куполом храма был размещен наблюдательный и корректировочный пост корабельной и береговой артиллерии Кронштадта. За время войны в собор попало несколько артиллерийских снарядов.
В процессе восстановления храм (2009—2013 гг.), в северной части Морского собора был сохранен след от неразорвавшейся немецкой бомбы, пробившей купол и упавшей на гранитный пол в 1943 году.
В 1954–1956 годах бывший храм подвергся реконструкции и был приспособлено под кинотеатр с залом на 1250 мест и театральной сценой. В 1974 году здесь открылся филиал Центрального военно-морского музея.
В 2002 году на главный купол собора был установлен новый крест, а через три года, в 2005 году, храм был освящен и проведена первая со времени закрытия собора литургия.
Работы по реставрации и восстановлению собора были начаты в 2009 году и окончательно завершены к его столетнему юбилею — в мае 2013 года.
28 мая 2013 года, патриарх Иерусалимский Феофил III и патриарх Кирилл совершили чин великого освящения Кронштадтского Морского собора во имя святителя Николая Чудотворца после капитальной реставрации.
С мая 2013 года собор считается главным храмом Военно-морского флота России.
Архитектура
Морской Никольский собор, в целом, повторяет в плане устройство храмов «византийского стиля», в том числе и храма Святой Софии в Константинополе. Общая идея планировочного решения с опорой центрального купола на апсиды и планировка боковых колоннад, а также роспись, находятся в рамках единой концепции традиционной для византийской базилики.
Фасад собора облицован кирпичом и терракотой и украшен гранитными цоколем и колоннами порталов, а также, в небольшом количестве, майоликой и мозаикой. Иконы на фасадах были исполнены в мозаичной мастерской В. А. Фролова. Центральный портал западного фасада украшен мозаичными изображениями Спаса Нерукотворного, двумя сюжетами из жизни святителя Николая Чудотворца, символами евангелистов и орнаментами. Купола собора и звонниц покрыты декоративными морскими рельефными атрибутами, вызолоченными по мордану. Двери богато декорированы бронзовым орнаментом.