До 1887 года мост назывался Петровский, он перекинут через Кронверкский пролив и соединяет Иоанновские ворота Петропавловской крепости (на Заячьем острове) с Петроградской стороной. Построен на месте первого наплавного деревянного моста в Петербурге (первого моста в городе), и опирается на каменные устои старого моста. Современный Иоанновский мост - пешеходный.
Первым мостом в Санкт-Петербурге был деревянный мост, соединявший крепость на Заячьем острове со строениями на Городовом (ныне Петроградском) острове. Тогда этот мост назывался Петровским, это был наплавной плашкоутный мост образца 1705 года (впервые мост обозначен на плане Петербурга 1705 года). Он имел два разводных пролёта и размещался на деревянных барках. Наводили мост летом. По мнению историков эти пролёты были сооружены для оборонительных целей: по приближении противника мост можно было сжечь.
В 1706 году наплавной мост был заменён подъёмным мостом, имеющим свайно-подкосную конструкцию, он находился выше по течению Кронверкского пролива. Несмотря на перестройку, два разводных пролёта сохранились, между ними было построено промежуточное крепостное укрепление. Одновременно с этим земляные бастионы Петропавловской крепости из земляных начали перестраивать в каменные.
В 1738 году, когда необходимость в дополнительных укреплениях окончательно отпала, мост был перестроен. К тому моменту уже был построен Иоанновский равелин, активно строились Иоанновские ворота (закончены в 1740), и мост был ориентирован в эти ворота. У обоих берегов были сооружены каменные дамбы, которые заканчивались арками. Посередине речного русла была расположена деревянная часть моста. Она была свайной конструкции с разводным пролётом.
В течение последующей службы последовательная цепь реконструкций моста привела к тому, что сквозные арки были заложены камнем. Устанавливались новые перила и фонари, но подновления моста проводились без конструктивных изменений до середины 20 века.
В 1951 году была проведена реконструкция с заменой несущих балок на металлические, при этом настил оставлен деревянным. После этого на мосту были установлены новые металлические фонари и ограда, выполненные в стиле начала 19 века.
Мост носил наименование Петровского с момента постройки, а с 1887 года стал называться Иоанновским.
Современный мост является пешеходным и до сих пор опирается на каменные устои старого моста.
На свае рядом с мостом 7 мая 2003 года была установлена фигурка зайца. Неофициально её называют «Зайчик, спасшийся от наводнения».