Театр был организован по инициативе Максима Горького и комиссара театров и зрелищ Союза коммун Северной области, актрисы Московского Художественного театра «первого призыва» Марии Фёдоровны Андреевой. Осенью 1918 года комиссар по делам театров М. Ф. Андреева подписала декрет о создании в Петрограде «особой драматической труппы». Ее формирование было поручено известному актеру Н. Ф. Монахову, а истоками стали два театральных коллектива: организованный в 1918 году Театр трагедии под руководством Ю. М. Юрьева и Театр художественной драмы, который возглавлял А. Н. Лаврентьев. В декабре состоялось первое собрание труппы, начались репетиции сразу двух спектаклей. В январе 1919 года было образовано правление театра, его председателем стала Мария Андреева, а главным режиссёром был назначен Андрей Лаврентьев.
5 февраля 1919 года состоялась премьера первого спектакля театра – постановки пьесы «Дон Карлос» Фридриха Шиллера. В свой первый сезон новый театр давал спектакли на сцене Большого зала Консерватории. Вскоре, усилиями М. Ф. Андреевой, коллективу было передано здание бывшего театра Апраксина и сезон 1920/21 года прошёл уже в здании на Фонтанке, где театр располагается и в настоящее время. Репертуар БДТ в это время определяют в первую очередь пьесы современных драматургов.
Режиссером, прославившим театр, стал Георгий Александрович Товстоногов (с 1956 по 1989 год он являлся главным режиссера театра). Под руководством Г. А. Товстоногова Большой драматический театр стал во главе театрального процесса в стране, поражая новизной трактовки, оригинальностью режиссерского взгляда. Режиссеру удалось собрать в театре уникальный актерский состав, составивший лучшую драматическую труппу страны.
В 1964 году театр получил звание Академического, а в 1970 году, в историческом здании театра Апраксина, состоялось открытие Малой сцены.
В 1992 году, после смерти Г. А. Товстоногова, театру были присвоено имя прославившего его режиссера.
В 2005 году у театра появилась вторая сцена, ей стал Каменноостровский театр, старейший сохранившийся деревянный театр России.