Церковь построена в 1510 году на месте одноимённого, сгоревшего в 1508 году деревянного храма. Заказчиком постройки церкви был родоначальник известной московской купеческой фамилии — Иван Сырков. Многие представители династии Сырковых упоминаются в летописях Новгорода и Москвы 16 века. Храм был фамильной церковью Сырковых, рядом располагался дом Ивана Сыркова. Церковь стала первым архитектурным памятником, появившимся в Новгороде после его вхождения в состав Великого княжества Московского.
Деревянный храм, существовавший в этом месте до постройки нынешней церкви, был в свою очередь построён на месте каменного храма в 1445 году. Еще до него здесь стояла более ранняя постройка, отмеченная в летописи 1299 года в числе 12 сгоревших в пожаре церквей.