Храм был заложен в 1113 году на территории Ярославова дворища повелением князя Мстислава Владимировича, сына Владимира Мономаха, как придворный княжеский храм. Это один из древнейших новгородских храмов, по возрасту он уступает только Софийскому собору. Освещение храма состоялось 5 декабря 1136 года, спустя 23 года после закладки. В период феодально-вечевой республики у его стен собиралось Новгородоское вече. В ансамбле новгородского Торга, где располагалось ещё девять церквей, собор занимает главное место. Здание сохранилось целиком, но в несколько искаженном виде и с поздними пристройками.
Собор был закончен в год основания Новгородской республики и с 13 века являлся главным вечевым храмом Новгорода (перед ним собиралось общегородское вече).
Новгород не испытал на себе в полной мере характерной для Руси княжеской власти. Это создало благоприятные возможности для развития демократических форм управления, в том числе — и унаследованных от догосударственного периода развития[1]. Одной из них было новгородское вече — своеобразная форма государственного управления (законодательной власти) в Новгородской республике. Новгородское вече просуществовало более шести веков, дольше веч в других русских землях — до 1478 года.
Плановое построение Никольского собора восходит к киевской архитектурной трандиции конца 11 — начала 12 веков. Это пятиглавый, шестистолпный, трёхапсидный храм с нартексом. Декор фасадов сдержан и лаконичен, они расчленены лопатками на прясла и завершаются простыми закомарами. В интерьере собора и подцерковья сохранились небольшие фрагменты живописи первой половины 12 века.
В 1994-1999 годах собор был отреставрирован.