Собор был построен в 1481 году и первоначально был католическим, а затем лютеранским. После множества переделок он был реконструирован в 1828-1832 годах по проекту архитектора К. Энгеля в стиле классицизма. Расположенная рядом Башня ратуши использовалась в качестве колокольни церкви. Здание сильно пострадало в военных действиях 1940 года. В 1941 году после занятия финнами Выборга начался его ремонт. В советское время, в 1989 году, в здании произошел пожар и в настоящее время собор представляет собой руины.
Первоначально здание принадлежало доминиканскому монастырю Выборга. После Реформации оно некоторое время использовалось в качестве амбара, но в 1617 году оно было восстановлено в качестве церкви финского прихода.
После присоединения Выборга к России здесь обосновался и шведский приход, поскольку старый кафедральный собор был обращен в православную церковь.
Первоначально над хором и алтарной частью храма находилась небольшая деревянная колокольня. С 17 века под колокольню была приспособлена утратившая оборонное назначение Башня Ратуши, находящаяся вблизи собора.
В конце 18 века для шведского прихода была построена новая церковь св. Петра и Павла, а здесь остался только финский приход. После разделения его в 1881 году на сельский и городской, здание стало церковью сельского прихода Выборга.
Рядом с церковью находилось военное кладбище сельского прихода Выборга.
В советские времена строение занимал штамповочный цех завода "Электроинструмент".