Церковь на набережной канала Грибоедова возведена эстонским православным приходом в 1903—1907 годах по проекту архитектора Александра Артемьевича Полещука в русско-византийском стиле. Вместе с постройкой самого здания церкви был возведён и примыкающий церковным домом Эстонского православного братства.
Церковь располагается у Могилёвского моста на пересечении Лермонтовского проспекта и проспекта Римского-Корсакова.
К концу 19 века в Петербурге было около 4000 православных эстонцев, которые в основном проживало в Большой и Малой Коломне.
Коломна — исторический район Санкт-Петербурга ограниченны в пределах рек Фонтанка, Мойка, Пряжка, Большая Нева, а также Крюкова канала. Коломна состоит из трёх островов — Коломенского (Малая Коломна), Покровского (Большая Коломна) и Матисова. Существует несколько версий происхождение названия «Коломна», по одной из которых оно связано со словом «колония», так как в этом районе проживало немало иностранцев.
31 декабря 1894 года в этом районе города был учрежден эстонский православный приход во главе с настоятелем Павлом Петровичем Кульбушем. В 1898 году Павел Кульбуш организовал Православное эстонское братство имени священномученика Исидора перед которым была поставлена задача постройки церкви.
Проект храма разработал член братства архитектор Александр Артемьевич Полещук. Окончательный вариант был утверждён 23 августа 1902 года и помимо самого здания церкви включал примыкающий дом для школы с общежитием, залом для бесед, книжным складом и библиотекой.
Строительство велось на пожертвования, сбор средств осуществляли по всей стране. Постройка была начата с церковного дома для школы с общежитием и библиотекой. Также была выстроена деревянная часовня, которую освятили 30 марта 1903 года.
Церковь святого Исидора Юрьевского строилась с 1903 по 1908 год. Трёхпридельный бесстолпный храм в русско-византийском стиле был рассчитан на 720 человек.
Верхний храм церкви освящён во имя священномученика Исидора Юрьевского, боковые приделы верхнего храма освящены во имя преподобного Серафима Саровского и святых апостолов Петра и Павла. Нижний храм Исидоровской церкви освящён во имя святого Николая Чудотворца. Службы в церкви проводились на эстонском и церковно-славянском языках.
Советский период
C 1923 по 1927 год в здании работали Богословские курсы Центрального района, преобразованные в 1925 году в Высшие Богословские курсы.
25 февраля 1935 года церковь была закрыта. После реконструкции здания здесь разместился живописно-оформительский комбинат Художественного фонда.
В 1994 году церковь возвращена епархии, в этом же году здесь состоялась первая литургия. В 1996 году над храмом снова был поднят крест, а в 1999 году начато восстановление верхней церкви Святого Исидора. С 2006 года в храме ведутся регулярные богослужения. В 2007 году (в столетие первого освящения) храм был заново освящён.
Восстановление верхней церкви завершилось в 2011 году. В ходе работ был восстановлен барочный иконостас, настенные росписи, а также запрестольный витраж с изображением Иисуса Христа[1].
В настоящее время при храме действуют библиотека и приходская воскресная школа.