В шести залах Музей собрал различные тематические экспозиции: археологии, этнографии, геологии, природы и истории развития края. В экспозиции зала «Уездный город» представлен макет исторической части города, на котором наглядно показано расположение городских памятников истории и культуры. Макет сделан на основе карты-схемы исторической части города Елабуги и охранной зоны Елабужского государственного музея-заповедника. Старинные здания и современные памятники обозначены на макете художественными символами, а особо значимые памятники и здания музеев изготовлены в виде объёмных макетных копий.
Музей-театр «Трактир» рассказывает о трактирном заведении 19 века, располагается он в здании купеческой лавки и знакомит посетителей с историей развития трактиров в России. Интерьер воспроизводит типичную обстановку провинциального трактирного заведения 19 века. Здесь стоит старинная буфетная мебель с посудой, для посетителей установлены стилизованные обеденные столы и стулья, потолок украшают изящные светильники.
В выставочном зале Елабужского музея-заповедника (ул. Казанская, 24) проводятся тематические и художественные выставки. Интерактивные мастерские наглядно демонстрируют искусство народных ремесел и промыслов, каждый посетитель может почувствовать себя в роли ремесленника.