Музей расположен на 3-х этажах по соседству с Часовой башней, здесь постоянно действуют 6 тематических экспозиций, отражающих различные периоды истории города Выборга (Выборг в средние века, его история в составе Финляндии, советский период), а также рассказывающих о природе Карельского перешейка, истории пограничной и таможенной службы на этих территориях. В музее представлено несколько уникальных коллекций, среди которых нумизматическая коллекция (I в. н.э. - наше время), коллекция археологических материалов, найденных при раскопках на Замковом острове (13 - 16 вв.), коллекция документов 7-го и 8-го финляндского полков (19 в.), коллекция гравюр Мюда Мечева.