Церковь была выстроена в I-й половине 19 века по проекту архитекторов Э. Х. Анерта и К. Бейля и представляет собой прямоугольное в плане здание, главный фасад которого украшен шестиколонным портиком коринфского ордера с треугольным фронтоном. Над алтарной частью возвышался высокий барабан с куполом и крестом, которые не сохранились до наших дней. Ныне здание находится в ведении объединения «Водоканал».
Первая лютеранская церковь на острове появилась в 1752 году, это была церковь Святой Елизаветы. В 1834 году храм сгорел. По этой причине в 1836 году на прилегающем участке архитектор К. К. Белль по проекту архитектора Э. Х. Аннерта выстроил новое каменное здание.
Здание представляет собою прямоугольный корпус с шестиколонным портиком коринфского ордера и треугольным фронтоном. Над алтарной частью возвышался высокий барабан с куполом и латинским крестом. На прежнем участке, где была сгоревшая церковь, выстроен был дом причта храма и различные хозяйственные службы.
В 1837 году вокруг церкви по периметру всей этой территории была установлена чугунная отрада.
Стоит отметить, что здание бывшей башни городского водопровода (в котором ныне находится музей истории Кронштадта) было выстроено с шестиколонным портиком со схожим архитектурным решением фасада что и у расположенной прямо напротив лютеранской церкви, с целью образования регулярной площади по указанию императора Николая I.
В 1930-е годы в Храме Святой Елизаветы был устроен склад Закупочного Рабочего Кооператива, а после Великой Отечественной войны в здании разместили насосную станцию для городского водопровода.