Собор был заложен в 1753 году по указу императрицы Елизаветы Петровны, на средства морского ведомства и пожертвования, «В воздаяние достойной памяти славных дел флота Российского». Ансамбль созданный архитектором С. Чевакинским является одним из ярчайших памятников елизаветинского барокко. Как и большинство церквей построенных при Елизавете, храм является двухэтажным, пятиглавым с отдельно стоящей колокольней. В 1900 году церковь перешла из епархиального в Морское ведомство, получив официальное название - Морской Никольский Богоявленский собор. Храм считается первым морским собором, традиционно окормляющим моряков русского флота.
В 1752 году президент Адмиралтейств-коллегии князь Михаил Голицын подал на имя императрицы Елизаветы Петровны прошение о возведении на средства морского ведомства и пожертвования нового собора «В воздаяние достойной памяти славных дел флота Российского». Храм был заложен по указу императрицы Елизаветы Петровны в 1753 году в излучине канала Грибоедова на бывшем плацу Морского полкового двора, на месте деревянного храма.
Строился собор как «морская полковая церковь», автором его проекта был архитектор Адмиралтейств-коллегии Савва Иванович Чевакинский. Собор был завершен в 1762 году. Отдельно стоящая колокольня возведена в 1755—1758 годах.
Нижняя трёхпридельная Никольская церковь была освящена во имя святого Николая Чудотворца, который традиционно считается покровителем плавающих и путешествующих, верхняя однопрестольная церковь — во имя Богоявления Господня. Престол верхней церкви освящен 20 июля 1762 года в присутствии императрицы Екатерины II, которая повелела именовать новопостроенную церковь собором. Здесь отмечались победы российского флота.
Главная святыня собора — греческая икона святителя Николая Чудотворца 17 века с частицей его мощей — находится в нижнем храме.
В 1900 году церковь перешла из епархиального в Морское ведомство, получив официальное название - Морской Никольский Богоявленский собор.
В саду перед храмом, в 1908 году был воздвигнут Цусимский обелиск в память о погибшем в Цусимском сражении экипаже броненосца «Император Александр III». Памятник создан по эскизу полковника князя М. С. Путятина.
При Никольском соборе с 1870 года действовало благотворительное общество со школой, больницей, приютом и женской богадельней.
После Октябрьской революции 1917 года Никольский морской собор не закрывался и в 1941—1999 годах был кафедральным. В помещении, устроенном на хорах собора, жили митрополиты Ленинградские Алексий (Симанский) (с начала 1941 года, включая период блокады Ленинграда) и Григорий (Чуков) (до ноября 1950 года).
10 марта 1966 года в нижней церкви собора было совершено отпевание А. А. Ахматовой.
В 2000 году в нижнем ярусе колокольни была освящена часовня, а 19 апреля 2008 года митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир совершил чин освящения верхнего храма, Богоявленской церкви. В храм были возвращены святыни — иконы письма живописцев Колокольниковых и рака с частицами мощей святых многих веков, начиная с первых христианских мучеников[2].
В верхнем храме установлены мемориальные доски экипажам атомной подводной лодки «Комсомолец» и других затонувших советских подводных лодок. В дни памяти совершаются панихиды по членам экипажей. С 2000 года в соборе совершается поминовение моряков атомной подводной лодки «Курск».
Никольский морской собор является уникальный памятник барокко середины 18 века. Крестообразный в плане, двухэтажный собор увенчан пятью широко расставленными золочёными куполами на стройных световых барабанах.
Фасад декорирован группами коринфских колонн собранных в пучки и размещенных на высоких пьедесталах, лепными наличниками и широким антаблементом. Богатую пластику фасада дополняют балконы с узорными коваными решётками.
Собор вмещает около пяти тысяч человек одновременно.
Большое художественно значение имеет интерьер верхней церкви с деревянным резным иконостасом 18 века работы резчика И. Ф. Канаева. Образа для храма были написаны братьями Колокольниковыми: Федотом Колокольниковым в верхней церкви и Миной Колокольниковым в нижней церкви.
Отдельно стоящая четырёхъярусная, завершенная высоким шпилем колокольня по красоте силуэта является одним из совершеннейших произведений стиля барокко[1].
Особой живописности ансамблю собора и колокольни добавляют зеленое окружение и близость водных протоков – каналов Грибоедова и Крюкова.
1. Архитектурный путеводитель по Ленинграду. А. А. Боровков и др. Москва: Стройиздат, 1971. — С. 135.
2. http://www.patriarchia.ru/db/text/396802.html