По завершении Северной войны Петр I решил перевезти свой ботик (небольшое парусно-гребное судно) из Москвы в Петербург. На этом ботике Пётр еще совсем юным плавал по реке Яузе и Переяславскому озеру. В 1723 году ботик торжественно прибыл в столицу. Поначалу для него в крепости был построен навес, а в 1761 году по проекту архитектора А. Ф. Виста для его хранения возвели небольшой павильон — Ботный дом. В 1891 году павильон украсило аллегорическое изображение Навигации.
По завершении Северной войны (1721 год), в которой молодой русский флот одержал ряд блестящих побед, а Россия превратилась в морскую державу, Петр I вспомнил о своём маленьком деревянном ботике, на котором он ещё плавал по реке Яузе и Переяславскому озеру и решил перевезти ботик из Москвы в Петербург.
В 1723 году ботик торжественно прибыл в столицу. Поначалу для него в крепости был построен навес.
В 1761 году ботик Петра — «дедушка русского флота», как его стали называть, был перенесен в ныне существующий небольшой павильон — Ботный дом. Возвел его архитектор А. Ф. Вист. После возведения павильона, оказалось, что архитектор не точно рассчитал размер дверного пройма, поэтому чтобы занести бот в помещение проём и стены пришлось разобрать. Отделка павильона была завершена в 1766 году.
Во время Великой Отечественной войны здание пострадало от пожара, который возник от попадания зажигательной бомбы. В 1950-х годах его отреставрировали.
Так как ботик Петра является очень ценным экспонатом, с 1931 года он хранится в Центральном Военно-морском музее России, а в Ботном доме размещается его копия в 1/10 натуральной величины. Также здесь устраиваются различные выставки.
В архитектуре этого небольшого строения отразился переход от декоративного стиля барокко к строгому стилю классицизма. Простые фасады, строгие портики, высокие окна с арочными наличниками сочетаются с кровлей сложной формы.
Домик венчает аллегорическое изображение Навигации, выполненное в 1891 году скульптором Д. Йенсеном.
