Комендантский дом расположен между Нарышкиным бастионом и Петропавловским собором, а его окна выходят на гауптвахту и плясовую площадь. Главный корпус дома был построен в 1743—1746 годах по проекту военного инженера Христиана де Марина. Окончательный вид дом получил в 1893 году, когда его служебный флигель был надстроен вторым этажом. Со зданием связано несколько исторических событий.
Первый деревянный дом для коменданта крепости был построен в 1704 году, затем он был перестроен в 1718-м.
Главный корпус каменного обер-комендантского дома был построен по проекту военного инженера Христиана де Марина в 1743—1746 годах по инициативе коменданта Степана Лукича Игнатьева. В 1747—1748 годах с западной стороны дома был пристроен отдельно стоящий каменный одноэтажный служебный флигель с воротами на западном фасаде. В 1750 году главный корпус и служебный флигель были соединены с устройством на северном фасаде воротного проезда, в результате чего окончательно сформировался комплекс здания с прямоугольным внутренним двором.
Современный вид дом приобрел в 1893 году, когда его служебный флигель был надстроен вторым этажом. По своему плану Комендантский дом (как и Инженерный) напоминает петербургские Почтовый, Конюшенный и Гостиный дворы.
Белые наличники окон здания и рельефные полосы рустовки по цокольному этажу служат эффектной отделкой на фоне розовых стен. Главный фасад дома ориентирован на восток, а нижний этаж выполнен как цокольный. Центральная часть увенчана треугольным фронтоном. Крыша высокая, но без характерного для петровского времени перелома.
Квартира коменданта Петербургской (Петропавловской) крепости занимала оба этажа Главного корпуса.
Должность коменданта являлась ответственной и считалась почетной. Комендантами назначались доверенные люди императора, боевые генералы, зачастую получившие ранение на войне. В их обязанности входило управление хозяйственной жизнью крепости, поддержание в готовности крепостного гарнизона, надзор за арестантами. Комендант также хранил «денежный сундук» Петропавловского собора и ключи от ковчегов в императорских и великокняжеских захоронениях. Стоит отметить, что комендантов хоронили в крепости, у восточной стены Петропавловского собора, где находится Комендантское кладбище. С 1720 по 1914 год здесь похоронили девятнадцать комендантов Петропавловской крепости.
Помимо покоев коменданта, в здании располагались также домовая церковь во имя Введения во храм Пресвятой Богородицы, комнаты прислуги и служебные помещения. Здесь же находилась канцелярия Комендантского управления.
Со зданием связано несколько исторических событий. Здесь, в Парадном зале, 12 июля 1826 года декабристы выслушали свой приговор (в настоящее время обстановка Парадного зала воссоздана). 5 марта 1876 в Комендантском доме родился Михаил Дмитриевич Скобелев (1843—1882) — выдающийся русский военачальник и стратег, вошедший в историю как «белый генерал». Дед Скобелева, Иван Никитич Скобелев был комендантом крепости. В память о русском полководце М. Д. Скобелеве на доме установлена мемориальная доска (открыта 11 апреля 2007 года, авторы: архитектор Станислав Павлович Одновалов и скульптор Ян Янович Нейман).
В дни Октябрьской революции 1917 года в Комендантском доме находился полевой штаб петроградского Военно-революционного комитета, в том числе и поэтому, в 1975 году, здесь открылась экспозиция «История Петербурга-Петрограда. 1703—1917 гг.»
В 2003 году над двориком Комендантского дома была смонтирована крыша.
